Para contribuir ao desenvolvimento Integral sustentável das comunidades, o CODESA tem a seguinte Missão:

i) Fortalecer a capacidade de intervenção social da liderança e estrutura diaconal dentro da igreja local numa abordagem holística;
ii) Servir como catalisador da missão integral da Igreja na comunidade;
iii) Promover acções de Desenvolvimento e transformação Social ao nível das comunidades;
iv) Apoiar os grupos mais vulneráveis para acelerar o pleno gozo dos seus direitos;
v) Participar e apoiar na gestão sustentável de recursos naturais e preservação do meio ambiente;
vi) Apoiar no fortalecimento e desenvolvimento das capacidades operacionais da Igreja local e de Organizações de Base Comunitária (OCBs) para sua apropriação nos processos de Desenvolvimento;

vii) Desenhar e desenvolver estratégias de intervenção comunitária na Agricultura, Educação, Saúde, Agua e Saneamento do Meio, Gestão de Recursos naturais e outras de interesse comunitário.